創祀の年代不詳であるが、大同年間の創立であると伝えられています。

大同9年涌浦（今の和倉町）の湯の谷という所に温泉が湧き出たので、村民は大いに喜び、神の恩恵であるとして、一社を造営し、少彦名命を奉斎し、薬師菩薩神社と称したという。

その後、少名毘古神社と称したのを、明治28年現社号に改称しました。

階段を上ると、台座からケヤキやヒノキが出ている珍しい夫婦神木があります。